Los reptiles son componentes importantes de las redes tróficas en la mayoría de los ecosistemas, cumplen un papel crucial tanto como depredadores de especies como de presas. Las especies de herbívoras también pueden ser importantes dispersores de semillas, especialmente en los hábitats insulares. Se sabe además que actúan como polinizadores y el gecko de cola azul (Phelsuma cepediana) es ahora el único polinizador de la rara planta Trochetia blackburniana en la isla de Mauricio.
La eliminación de cualquier especie de su ecosistema puede alterar drásticamente las poblaciones de otros organismos, sin embargo, los que tienen un papel particularmente influyente dentro de un ecosistema, se conocen como especies claves (críticos). Los depredadores máximos, como el cocodrilo, son a menudo especies claves, aunque también contribuyen a la cadena alimentaria como presas, mientras todavía son jóvenes. Algunas especies se consideran críticos por la manera en que modifican su hábitat. Los cocodrilos americanos (Alligator mississippiensis) que viven en los Everglades, cavan agujeros que son, a menudo, el único hábitat acuático remanente durante la estación seca, proporcionando un importante refugio para muchas especies de peces, tortugas y otras especies acuáticas, así como una fuente de agua para las aves, animales y plantas terrestres.
Las especies de reptiles también pueden tener un papel antropogénico útil en los ecosistemas. En algunas áreas, ayudan a controlar el número de plagas agrícolas graves, mediante el consumo de plagas de roedores y de insectos.
Reptiles y humanos. Los reptiles han sido cazados y comercializados por los seres humanos a lo largo de la historia, sobre todo como alimento. Aún hoy, los reptiles pueden ser una fuente importante de proteínas para muchas personas, o pueden ser vendidos como alimento de lujo. Algunos reptiles incluso se utilizan en la medicina tradicional. La piel de los cocodrilos y las serpientes se utilizan en la creación de zapatos, bolsos y cinturones, y carey se ha convertido en un material popular para la joyería y la decoración. Los reptiles también son mascotas populares, y cerca del 3% de los hogares en EE.UU. tienen al menos un reptil como mascota. Muchas personas les tienen miedo a algunos reptiles, como las serpientes y cocodrilos, y como tal, algunas especies han sido perseguidas por los seres humanos.